Presiden RI Joko Widodo pada tanggal 13 April 2021 menandatangani Peraturan Presiden (Perpres) Nomor 28 Tahun 2021 tentang Badan Siber dan Sandi Negara (BSSN). Penerbitan Perpres tersebut didasari oleh perlu dilakukannya penataan organisasi BSSN dalam rangka mewujudkan keamanan, perlindungan, dan kedaulatan siber nasional serta meningkatkan pertumbuhan ekonomi nasional. Perpres tersebut diterbitkan untuk mengoptimalkan pelaksanaan tugas dan fungsi di bidang keamanan siber dan sandi dalam organisasi BSSN sehingga dapat dilakukan dengan lebih efektif dan efisien.
BSSN merupakan lembaga pemerintah yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Presiden. Organisasi dan Tata Kerja BSSN kemudian diatur dalam Peraturan BSSN Nomor 6 Tahun 2021 tentang Organisasi dan Tata Kerja BSSN.
BSSN bukan merupakan lembaga baru namun merupakan transformasi peleburan lembaga keamanan informasi pemerintah yang telah ada sebelumya, yaitu Lembaga Sandi Negara (Lemsaneg) dan Direktorat Keamanan Informasi, Direktorat Jenderal Aplikasi Informatika, Kementerian Komunikasi dan Informatika (KemenKominfo) sebagaimana diatur dalam Perpes Nomor 53 tahun 2017 tentang BSSN yang selanjutnya disempurnakan dengan Perpres Nomor 133 tahun 2017.
Dengan dibentuknya BSSN, maka pelaksanaan seluruh tugas dan fungsi di bidang Persandian di Lemsaneg serta pelaksanaan seluruh tugas dan fungsi di bidang keamanan informasi, pengamanan pemanfaatan jaringan telekomunikasi berbasis protokol internet, dan keamanan jaringan dan infrastruktur telekomunikasi yang ada di KemenKominfo dilaksanakan oleh BSSN.